Mokykla pastatyta 1983 metais. Ji vadinosi 2-ąją Šalčininkų vidurinė mokykla. Mokykloje buvo mokoma lietuvių ir rusų kalbomis. Mokyklai pradėjo vadovauti istorijos specialistė Marija Ratavičienė ir vadovavo iki 2011 m. 1983 m. mokykloje mokėsi 527 mokiniai. Nuo 2011 m. iki 2014 m. mokyklai vadovavo Jan Žilinski.
1997 metais liepos 4 dieną Šalčininkų rajono savivaldybės tarybos sprendimu nr. 54 Šalčininkų 2-oji vidurinė mokykla reorganizuota į Šalčininkų 2-ąją vidurinę mokyklą rusų dėstomąją kalba.
1998 metais gruodžio 23 dieną Šalčininkų rajono savivaldybės sprendimu mokyklai suteiktas Šalčininkų „Santarvės“ vidurinės mokyklos vardas.
2015 m. liepos 2 d. mokyklai suteiktas gimnazijos statusas.
Iki 2018 m. išleistos 34 abiturientų laidos (1560 abiturientai), iš jų 23 abiturientai baigė sidabro medaliais.
Gimnazija priklauso Šalčininkų rajono savivaldybei.