Mokykla pastatyta 1983 metais. Ji vadinosi 2-ąją Šalčininkų vidurinė mokykla. Mokykloje buvo mokoma lietuvių ir rusų kalbomis. Mokyklai pradėjo vadovauti istorijos specialistė Marija Ratavičienė ir vadovavo iki 2011 m. 1983 m. mokykloje mokėsi 527 mokiniai. Nuo 2011 m. iki 2014 m. mokyklai vadovavo Jan Žilinski. 

1997 metais liepos 4 dieną Šalčininkų rajono savivaldybės tarybos sprendimu nr. 54 Šalčininkų 2-oji vidurinė mokykla reorganizuota į Šalčininkų 2-ąją vidurinę mokyklą rusų dėstomąją kalba.

1998 metais gruodžio 23 dieną Šalčininkų rajono savivaldybės sprendimu mokyklai suteiktas Šalčininkų „Santarvės“ vidurinės mokyklos vardas.

2015 m. liepos 2 d. mokyklai suteiktas gimnazijos statusas.

Iki 2018 m. išleistos 34 abiturientų laidos (1560 abiturientai), iš jų 23 abiturientai baigė sidabro medaliais.  

           Mūsų gimnazija vienintelė rajone, kurioje ugdymas vyksta rusų kalba pagal nustatytas Lietuvos Respublikos švietimo ir mokslo ministerijos Bendrąsias ugdymo programas.  Gimnazijoje sudarytos sąlygos vaikams ir jaunimui gauti vidurinį išsilavinimą jų gimtąja kalba, pažinti nacionalinę kultūrą, tradicijas ir papročius. Taip pat gimnazija padeda vaikams ir jaunimui integruotis į kultūrinį ir visuomeninį gyvenimą. Mūsų vaikai gyvena daugiakultūrinėje aplinkoje, bet didelis dėmesys skiriamas valstybinei kalbai, kad abiturientai, baigę gimnaziją, galėtų tęsti mokymąsi Lietuvos aukštosiose mokyklose valstybine kalba.

          68 mokiniai gyvena 5 seniūnijose ir į gimnaziją atvažiuoja visuomeniniu transportu iš 20 kaimų. Rajone didelis nedarbas. Mokinių skaičius gimnazijoje sparčiai mažėja dėl demografinės rajono situacijos.

Gimnazija priklauso Šalčininkų rajono savivaldybei.